組織の階層に上限はありますか。また、横並びの組織に上限はありますか。

共に上限はありません。ただし、組織階層が深すぎると組織が辿りづらくなります。

また、横並びの組織の数はWeb管理画面に全て表示されます。数が多いと画面が見づらく、表示に時間がかかることがあります。